Sejarah Desa Mlati
Keberadaan Mlati Kidul tidak dapat dipisahkan dengan Makam Raden Ayu Mlati.
Nama asli Raden Ayu Mlati adalah Raden Ayu Putri Kuning yang merupakan anak dari Prabu Brawijaya dari Kerajaan Majapahit.
Runtuhnya Kerajaan Majapahit salah satunya adalah masuknya islam ke tanah jawa. Raden Ayu Mlati merupakan putri boyongan dari Kerajaan Demak Bintoro,
alkisah setelah Kerajaan Majapahit dikalahkan oleh Kerajaan Demak, Raden Ayu Mlati diboyong ke Demak. Dikarenakan Sunan Kudus menjadi senopati perang Kerajaan Demak, pada akhirnya Raden Ayu Mlati dijadikan istri kedua Sunan Kudus.
Namun pada saat hidup di Kasunanan Kudus Raden Ayu Mlati tidak mau hidup serumah dengan istri pertama, sehingga minta dipisahkan dan dibuatkan taman keputren di daerah Kudus Timur, yang sekarang di kenal dengan nama Mlati.
Akhirnya Raden Ayu Mlati meninggal dan dimakamkan di Mlati. Makam tersebut dikenal sebagai makam keramat Raden Ayu Mlati. Dan pada jaman kolonial belanda Mlati dibagi menjadi tiga desa yaitu Mlati Kidul, Mlati Lor dan Mlatinorowito.
Makam Raden Ayu Mlati terletak di Kelurahan Mlati Kidul Kecamatan Kota Kudus.
Ukuran makam panjangnya 2,60 m, tinggi 1,4 m, panjang bangunan 12,5 m, lebar bangunan 9 m, panjang cungkup 7,2 m, lebar cungkup 4,87 m dan tinggi cungkup 1,85 m. Bahan-bahanya terdiri dari bata merah, semen dan kayu jati kuno.
Makam ini dibuat pada jaman kewalian dan kondisinya terawat dengan baik. Makam ini semula pesarean, namun sekarang menjadi tempat ziarah dan merupakan milik masyarakat Mlati Kidul.
Di makam Raden Ayu Mlati juga biasanya ada tradisi semacam buka luwur, tetapi acara buka luwur di Makam Raden Ayu Mlati diadakan setelah tradisi buka luwur di Makam Sunan Kudus.
